O'Donoghue kết hôn với Helen O'Donoghue,[12][13][14] một giáo viên.[15] Anh và vợ có một người con trai.[14]

O'Donoghue chưa từng có kế hoạch tái định cư tại Los Angeles hay Vancouver, Canada nơi anh thực hiện quay bộ phim Ngày xửa ngày xưa.[13] Anh giải thích, "Bạn không thể biết được tình huống nào sẽ xảy ra, vì thế nên thật hóc búa để đưa ra được một quyết định như thế và chuyển tới đâu đó trong vòng hai hay ba năm...Dù chuyện gì có xảy ra đi nữa, Drogheda vẫn luôn luôn là nhà của tôi bởi vì đó là nơi mà bạn bè và gia đình của tôi sinh sống."[13]Vì đức tin lớn lao của mình nên mỗi khi không lên màn ảnh, O'Donoghue vẫn thường đeo một chiếc thánh giá bằng bạc lớn mà vợ anh đã đưa cho.[15]